Seit der Sprengung der Mainbrücke besteht keine Verbindung mehr zum Kitzinger Bahnhof auf der anderen Mainseite. Deshalb ist das 2 km von der Hauptstrecke entfernte Kitzingen-Etwashausen Endbahnhof der Strecke. Die Kilometrierung beginnt trotzdem noch wie zu Reichsbahnzeiten im Bahnhof Kitzingen, weshalb der „Startbahnhof“ erst in km 2,4 liegt.
Das ehemalige Streckengleis zur Brücke hinauf nutzte der Hauptkunde der Strecke, die direkt am Bahnhof gelegene Firma Fehrer, als Ladegleis. Ein weiterer Anschluss direkt in das Firmengelände existierte ebenfalls, beide Gleise wurden jedoch beim Neubau der Umgehungsstraße sowie der neuen Mainbrücke im Jahr 2005 herausgerissen.
Nachdem die Anschlussgleise zusammengelaufen sind, wird nach Überbrücken des Fußweges das Bahnhofsgleisfeld erreicht. Hier sind noch zahlreiche Umsetz- und Abstellgleise, sowie ein Gleis an der Ladestraße vorhanden. Ebenfalls wegen des Baus der Umgehungsstraße, allerdings im Jahr 1993, wurde der beschrankte Bahnübergang in der Bahnhofsausfahrt, das ganz äußerste Gleis, sowie die Verlängerung von Gleis 1 entfernt und die Drahtzüge für Signale und Weichen zwischen die Gleise verlegt.
Der Fahrdienstleiter saß im gut erhaltenen Bahnhofsgebäude, welches an einen Güterschuppen anschließt. Er war einst Herr über zahlreiche Weichen und Signale – bedient durch ein mechanisches Stellwerk der Bauform Einheit – es ist das einzige auf der Strecke erhaltene Stellwerk. Der Posten wird aber seit langer Zeit nur noch bei Bedarf besetzt, die Zugleitung auf der Strecke erfolgt seit der Übernahme der Deutschen Regionaleisenbahn aus Berlin.
In der Bahnhofsausfahrt Richtung Schweinfurt zweigen die beiden Anschlussgleise des Bahnhofs ab. Zum einen zur Firma FrankenGuss und zum anderen zur ehemaligen Kaserne der US-Streitkräfte, den Harvey Barracks. Diese wurde letztmalig beim Truppenabzug im Mai 2006 befahren und liegt seitdem verwaist da, soll aber in Zukunft als Industriepark genutzt werden.
Im Dritten Reich wurde 1935 der Kitzinger Militärflughafen ausgebaut. In diesem Zusammenhang wurde die alte kleinere Haltestelle Kitzingen-Etwashausen, welche zwischen der Albertshofener und Stadtschwarzacher Straße lag, um 300m Richtung Gerolzhofen verlegt und zum Bahnhof ausgebaut. Dazu gehörte das heute noch erhaltene Empfangsgebäude mit dem Güterschuppen. Bis in die 1980er Jahre besaß der Bahnhof sogar eine eigene Rangierlok, eine Kö 2, die alle paar Wochen gewechselt wurde. Mit Ablauf des 1. Januar 2002 wurde der Gütertarifpunkt Etwashausen für den Einzelladungsgüterverkehr eingestellt.
